C. elegans có cơ thể không phân đốt, hình giun, và đối xứng hai bên. Nó có một lớp biểu bì, bốn dây biểu bì chính và một pseudocoelom chứa đầy chất lõng (khoang cơ thể). Chúng cũng có một số các hệ thống cơ quan tương tự như động vật lớn. Hầu như tất cả các cá thể C. elegans là con cái lưỡng tính và có một thiểu số nhỏ, khoảng một trên một ngàn, con đực thật sự.[7] Giải phẫu cơ bản của C. elegans bao gồm miệng, họng, ruột, tuyến sinh dục, và biểu bì collagen. Con đực có một tuyến sinh dục đơn thùy, một ống dẫn tinh, và một cái đuôi chuyên cho giao phối, trong đó kết hợp với gai nhỏ. Con lưỡng tính có hai buồng trứng, ống dẫn trứng, túi nhận tinh, và một tử cung đơn.